【EJB流程】

1、一般ESB的流程，
先是整理需连接的系统，需要连接的系统功能(一般管它叫服务)，确定服务的依赖关系，支持的协议(文件，WebService, RPC,...),调用的方式(同步/异步)
然后使用ESB提供的那些协议组件，一点点串起来就行。串的方式可以参考EIP (www.eaipatterns.com)

你说的两种异步方式的话都可以，
如果是同步的，也可以直接soap -> soap, 不用JMS。 一般用JMS是为了实现异步通讯

2、JMS，至少我接触的ActiveMQ， 是可以支持事务的，发生异常，可以不消费信息

3、协议转换是为了配合你那些需要整合的系统，如果都是SOAP，也就不需要转了。
消息内容转换(格式，内容)，一般ESB都提供各种工具的。

4、如果你要做同步转异步，可以在esb上做成ws转jms，然后起到一个缓冲的作用。
最后可以再同步的返回给调用方。

你也可以修改调用方为jms方式，这样就是彻底的异步了，在esb端可以jms转ws，调用业务服务方的ws。
5、esb都支持事务的，jms中如果不确认消息的话，不会从持久存储去delete掉的。
一般的esb。也可以做成是esb消费掉消息，然后存入esb自己内置的jms provider中，这样你再消费的话，也是可靠的。还可以做成补偿机制的，即esb中如何消息处理失败，把消费放回去原来的queue或是一个中间的临时queue，稍后做recover。

6、从esb的不同transport进去的数据，在esb的中介层处理时，其实消息格式都是一致的、通用的。也就是说常见的ws或jms转换在 一般的esb里处理都很简单。如果稍微复杂点，也很容易扩展transformer（比如通过xslt做xml格式转换）来实现数据内容和格式的转换。